８月26日、阿弥陀堂の修復が行われました。棟札には役僧の真巖（のちの祐天寺14世祐真）、納所の祐巖、大工の斉藤伊助（嘉永３年「祐天寺」参照）の名が書かれています。
10月22日、久留米藩（福岡県）11代藩主有馬頼咸と正室精姫（12代将軍家慶の養女。嘉永６年「祐天寺」参照）との間に生まれた男児が逝去し、祐天寺に葬られました。法号は玉峯院殿庭遊如幻孩子です。
11月４日に起きた安政南海地震により、松坂清光寺（三重県松阪市）の境内が大破し、祐天堂にも被害が及びました。『地震騒動大概』には、この地震の被害状況について「午前５時より大地震が起こり、松坂白子神戸山田辺りの家は潰れ、大破し、その付近の様子は記しがたいほどだ。死者は２００人余りと言う」と記されています。被害は近畿地方から四国、九州東岸に至る広い地域に及び、マグニチュード８クラスの規模だったと推定されています。
清光寺では正徳３年（１７１３）に23世幡貞が、日課念仏の普及のため十万人講を組織しました。当時、増上寺36世であった祐天上人はこのことを知り、自らその十万人講に名を連ね、さらに直筆の名号を贈りました。清光寺ではこの名号を信者に印施し、講の人数は50万人に及んだと言われています。被害を受けた祐天堂はこの頃に建てられたもので、現在も堂内には祐天上人倚像が安置されています。
11月、土佐藩（高知県）13代藩主山内豊熈の正室である智鏡院が、祐天寺に三界万霊塔を建立しました。塔には、嘉永６年（１８５３）夏に浦賀沖（神奈川県横須賀市）へ使船が来たこと（ペリー来航を指すと思われる）や、ロシア船の来航などの緊迫した情勢について記されており、土佐藩が海防の強化に努めたことがわかります。
現在この塔は破損が進み、刻文の判読は困難ですが、残存部分からは、智鏡院との縁が深く海防強化に功績のあった者の遺骨が納められ、誦経供養が行われたことが読み取れます。