元禄６年、祐天上人は故郷いわき（福島県）へ帰りました。生家新妻家の菩提寺最勝院には「新田村最勝院什物 寄進祐天 元禄六年七月吉祥日」と銘の入った喚鐘がありますが、これは祐天上人が自らいわきへ行き、寄進したもののようです。また、最勝院にはほかにもさまざまな什物が残っており、祐天上人が最勝院の中興を発願し、それに力を注いだことが知られます。
祐天上人のいわきへの旅でもう１つ重要なことがありました。自分の甥にあたる祐海を出家させて江戸に連れ帰ったことです。祐海は当時数えの12歳、満11歳でした。前年に父を亡くし（元禄５年「祐天上人」参照）、身よりの少ない境遇だったのです。のちに祐天寺を起立し、第２世住職となる人です。
江戸新材木町に、丸や藤兵衛という者がいました。その妻が元禄６年２月に、日頃から親しくしている本所石原番場町に住む、貞立という尼を招いて相談をしました。
「私は２人の娘に先立たれ、ことに１人は非業の死を遂げたので、成仏したかどうかもおぼつかなく思います。なにとぞ祐天上人にご回向をお願いしてください」
貞立尼は承知して石原の祐天上人の庵室に向かいましたがその道すがら、非業の死とは難産で死んだ姉娘のことであろうと考えました。祐天上人は頼みを受け入れ、姉娘のためにねんごろな供養をしました。
そののち藤兵衛の妻の夢に、美しい衣服を着て幸せそうな姉娘と、貧しげな身なりで水を欲しがる妹娘とが現れました。妻は目覚めて貞立尼を招き、祐天上人の供養が姉娘に対して行われたことを知って驚き、真実を語りました。実は妹娘はある材木屋に嫁ぎましたが、夫が博打で身を持ち崩し、家屋敷も失ってしまいました。いく度かは実家から援助もしましたが、あるとき夫藤兵衛がそれを断ったところ、婿は立腹して娘を刺し殺し、自分も自害して果てたのです。妹娘こそ、非業の死を遂げていたのです。
貞立尼はすぐに祐天上人の庵室に赴き、事の次第を話したところ、上人も不憫に思われ、丁寧に供養してくださいました。そののち藤兵衛の妻の夢に妹娘がほほえんで現れ、供養の礼を述べました。藤兵衛の妻ものちに出家して念仏に励んだということです。
２月27日、増上寺の方丈了也ならびに役者（役職僧）たちは、将軍綱吉による『大学』の講義を受けました。『大学』は四書の１つで、儒学の基本書です。綱吉はまた、６月24日にも江戸城で漢籍の講義を行い、伝通院、幡随院、霊巌寺、霊山寺、増上寺の三臈（上位から３番目の学僧）、役者らを招いて聞かせたのでした。
春、美作（岡山県）誕生寺の法然上人像が江戸回向院で開帳されました。また、京都長楽寺でも開帳されました。美作誕生寺は法然上人25霊場の第１番で、上人誕生の地に建立された寺院です。創建の時期ははっきりしませんが言い伝えでは、上人誕生のときに多くの奇瑞があったところから、父の漆間時国が館の近くに１宇を建てて誕生寺と名付けたのが始まりと言います。現在の研究では、13世紀末か14世紀初頭の頃の建立と見られています。本尊の上人像についても、自作の像を京から送ったとか、自作像であるが持ってきたのは熊谷直実であるとか、種々の説があります。
出開帳によって集まった奉加金により、元禄８年（１６９５）には上人像を安置する御影堂が再建されました。
浮世草子。井原西鶴（元禄元年「人物」参照）著。元禄６年刊行。序文に「凡万人の知れる色道のうはもり、なれる行末あつめて此の外になし。これを大全とす」とあるように、好色の世界に心を奪われて落ちぶれてしまう大尽たちの生活を描いています。15章の短編から成る遺稿集です。内容は、金魚の餌のぼうふら取りにまで落ちぶれてしまった者が、仲間からの援助も断り、誇りを捨てなかった話（巻２）など、大尽たちの没落したさまが興味深く描かれた西鶴の晩年の作です。
元禄６年の11月、市川団十郎は京へのぼりました。村山座に１年間出演するためです。京では敵役の役柄が多かったようですが、京の土地柄と団十郎の芸風が合わず、「荒っぽい」「息継ぎがせわしい」「色事が不得手」などと、あまり評判は良くなかったようです。