元禄年間（１６８８～１７０３）のこと、祐天上人は葛西（江戸川区）方面に往来の途中、北十間川（墨田区）に情死者の遺体があるのを見て深く憐れみ、懇ろに供養して戒名を授けました。また自ら名号を書いて与えたのです。これ以来この付近で子供が川で溺れる事故がなくなり、名号を刻んだ名号石は水難除け、安産、子守りとして崇められてきたのです。
北十間川境橋のたもとには今も祐天名号石をまつる小さなお堂があります。戦災で、百万遍の数珠や縁起書は焼けてしまったのですが、戦前の写真が祐天寺に残っており、上述のことがわかります。
本多中務侯の藩中、蜂須賀囹之助の下男門兵衛は大層な酒好きで、泥酔すると無礼な振る舞いをすることもありましたが、平生は真面目に働くので、主人は過失をとがめず数年召し使っていました。元禄４年６月本多侯の長男が亡くなり、翌月の７月６日に深川霊巌寺で法事が行われました。囹之助も門兵衛を供に連れて霊巌寺に詰めていましたが、法事の終わらないうちから門兵衛は泥酔して乱暴狼藉を働きました。朋輩が止めても聞き入れず、かえって悪口を言うので、仕方なく取り囲んで屋敷に連れ帰り、その夜主人に報告しました。囹之助は激怒し、日頃の注意にもかかわらず慎むべき法事の場を汚したのは、すぐにも手討ちにすべきだが、中陰のうちなので自分の意志で決めがたいと言って、上役遠藤与五右衛門を通じて主君本多侯に報告しました。本多侯も立腹し、門兵衛は打ち首と決まりました。
７月９日の朝、門兵衛を引き出し、関庄左衛門という武士が太刀で門兵衛を斬り付けました。しかし、ただうつぶせに倒れただけで刃の跡も見えないので、嘉兵衛という者が代わりに斬りましたが同じです。さらに喜兵衛という練達の者が斬っても首が落ちません。遠藤与五右衛門は怪しんで自分が差していた太刀を抜き、これで斬れと命じました。喜兵衛が受け取り斬りましたが、それでも斬れません。突き殺そうとしても傷つかず、一同不審の思いにかられました。この様子をつぶさに主君本多侯に言上すると、本多侯はその男は何か信心をしているのかと尋ねました。与五右衛門が門兵衛を召し出して聞くと、信心はしていないが、母親から祐天上人の名号を譲り受け、これを片時も身から離さず大切にし念仏せよと教えられたので、実行しているとのことでした。本多侯はこれを聞き、門兵衛は仏天の加護をこうむっている、罰することはできないと言い、助命して石川浅右衛門という姓名をたまわって武士に取り立てました。しかし、門兵衛はほどなく病気になり、元禄４年８月中旬逝去したということです。
慈済庵空無上人（元禄３年「寺院」参照）が勧化して造った金銅の六地蔵立像が、開眼されて江戸市中６か所に分けてまつられました。駒込瑞泰寺、千駄木専念寺、日暮里浄光寺、下谷七軒町心行寺、上野大仏堂の内、浅草寺中正智院の６か所です。六地蔵は、天・人・修羅・畜生・餓鬼・地獄の六道をそれぞれ救済すると考えられる６体の地蔵尊です。享保年間（１７１６～１７３５）の初めには地蔵坊正元建立の坐像六地蔵が建立されました。この六地蔵は品川品川寺、四谷太宗寺、巣鴨真性寺、山谷東禅寺、深川霊巌寺、同永代寺の６か所に分けてまつられました。
４月28日、日蓮宗悲田派の小湊誕生寺、碑文谷法華寺、谷中感応寺が召され、「不受不施」の教えを禁止したにもかかわらず（寛文５年「寺院」参照）、悲田派と号してそうした教えを広めているのは良くないので、今後悲田派をやめるようにと命じられました。悲田派の衆徒は、日蓮宗受不施派でも別の宗でも良いから、ほかの宗派に改宗するよう命じられました。その結果、３寺は天台宗の配下にされたのです。７月12日、悲田派の僧侶69人が八丈島や大島など伊豆の島々に流されました。
５月、近江石山寺で本尊の観世音の開帳が行われました。石山寺は、西国三十三観音霊場の１つで、紫式部が源氏物語を書くためにこもったという言い伝えもあるお寺です。寺社はこの頃、民衆を導くためのほかにも、堂社の修復費用調達などのために、盛んに開帳を行いました。元禄年間は「開帳ブーム」と言われるほど開帳が多かったのです。
深川永代寺で、箱根権現と曾我兄弟の像が開帳されました。曾我兄弟の人気は、芝居と切り離せません。代々の市川団十郎が五郎の役を演じ、人気を博しました。元禄頃の上方では、「盆曽我」と言って７月に曽我物を上演する風習がありました。江戸では正月に曽我狂言が出されますが、それは宝永６年（１７０９）以降のようです。元禄４年の開帳は、曽我ブームに火がつく前ですが、すでに初代団十郎は曽我物を演じており（元禄元年「芸能」参照）、徐々に人々の関心が高まってきていた時期でしょう。
11月６日、知恩院40世孤雲が76歳で示寂し、12月10日、鎌倉光明寺良我が知恩院新住職となりました。
俳諧七部集の第５集。元禄４年刊行。「俳諧の古今集」と評され、蕉風を代表するものです。去来（「人物」参照）・凡兆を撰者とします。巻１から巻４までは発句集で、巻５は連句編です。書名は「初しぐれ猿も小簑をほしげなり」という芭蕉の発句によります。去来・凡兆・芭蕉の３人による「市中は」の巻（巻５）が特に優れています。凡兆の発句「市中は物のにほひや夏の月」という句に次々と句を付けていくのが連句（「解説」参照）です。町中は暑さが消えず、いろいろなものの匂いがする、ふと空を仰ぐと、夏の月が出ている、の意です。この句に、暑い暑いという声があちらでもこちらでも聞こえる、の意の「あつし／＼と門々の声」という句を芭蕉が付けました。暑さを「あつし／＼」という声で捉え、２句合わせて夏の月の涼味を表しています。去来は、「二番草取りも果たさず穂に出て」という、今年の夏は暑いので穂の育ちが良く、２度目の草取りも済まないうちに穂が出てきた、の意の第三（３句目）を付けました。都会から田園に、宵から昼間に場面が転じています。その句に凡兆は、うるめいわしの灰を手ではたき落としながらせわしく食べている、の意の「灰うちたたくうるめ一枚」を４句目に付け、草取りの時期のために忙しい農家のせわしげな食卓の様子を詠みました。芭蕉はこんな生活を、辺鄙な土地の様子と見て、地方では銀が使えないので不自由だ、という意の「此筋は銀も見しらず不自由さよ」を５句目に付けました。前句の横柄な口をきく人物を博徒と見定めて「たゞとひようしに長き脇差」と、６句目にその風体を表す句を付けました。このように同一の主題を避けて自由に転じさせていくのが連句のおもしろいところなのです。
３月、中村座へ京から水木辰之助が下り、出演。『女敵討』の大切（１番最後の場面）に、槍踊りを踊り、大当たりを取りました。
京から江戸へ着いたときのあいさつの配り物に、扇に摺り物を添えました。それに摺ってあった「身は柳どうなりと吹け江戸の風」の句が、江戸中の評判となったと言います。