本所牛島（墨田区）に隠棲した祐天上人が最初にしたことは、京、奈良など、諸処の名刹の歴訪でした。隠棲した年の貞享３年（１６８６）から旅立ったことが知られていますが、旅の期間は１両年、あるいは３年とあり、３年だとしても元禄元年のこの年には牛島に帰って来たことになります。
祐天上人が旅の途中、どこを訪ねたかははっきりとわかっていません。各地の寺を巡りながら、人々に念仏の教えを広めて歩いたことが推測されます。ただ、京の知恩院に逗留して松川町升屋喜平次という者の老母を教化したことが、『祐天大僧正利益記』上にあります。これは『実録下書』附に書き込みがある、「京都末津加波町某之母」に「貞享三年に十念を与えた」という記事と符合します。
また奈良東大寺に至ったことは『略記』『実録』に記載があります。当時大仏殿はほとんど失われたままで、大仏は風雨にさらされていました。東大寺の公慶による大仏殿再建の勧進（貞享４年「寺院」参照）が関東でも始まろうとするときでした。祐天上人は、荒廃のさまを目のあたりにして、堂宇の再建に協力することを決意しました。
小笠原遠州侯の藩中、原藤八郎の伯父何某は、念仏の行者でした。祐天上人の教えに帰し、名号を大切にしていました。隠居して長州下関に住み、孫を大変かわいがって毎晩抱いて寝ていました。元禄元年春のある夜、隣家の火が燃え移ってきて何某はあわてて孫を抱いて逃れました。ところが２、３町ほど行ってよく見ると、抱えて出てきたのは孫ではなくて括り枕だったのです。何某は驚き嘆いて孫もろともに焼け死のうと、火の中に飛び込もうとしましたが、人に抱きとめられました。やがて火も鎮まり、せめて遺骸を探そうと寝所とおぼしきところを探しました。屋根板がたくさん落ちたのをかき除けると、信仰している名号が焼け残っており、布団もそのままありました。それを開くと、孫は何のけがもなく熟睡していたのでした。
元禄元年４月、津軽越中侯の家臣、山河角左衛門の嫡子三十郎は物の怪が憑いたように狂い出し、さまざまなことを口走り始めました。護摩修法なども効果がなく、しだいに身体が衰え命も危うく見えたので、父母は嘆き、せめて後世を助けようと、同じ家中でつねづね祐天上人のもとに参って教えを乞うていた山田源左衛門を頼って祐天上人に願い出ました。上人は、両親が本人に代わって念仏せよと教え、「襟掛けの名号」１枚をくださいました。両親がそれに従ったところ、その日の深夜、誰とも知らぬ女がうれしげに微笑んで三十郎のそばを立ち去り、それから三十郎は本復したと言います。
２月13日、鎌倉光明寺47世専誉孤雲が、知恩院40世新住職として入院しました。前年〔貞享４年（１６８７）〕12月１日に39世感榮が寂した跡を継いでのことです。孤雲は、祐天上人が増上寺に帰山したときの月行事で上人は孤雲の学寮を継いでいます。
８月、浅草霊山寺が本所に移り、拡張されました（貞享２年「寺院」参照）。
９月７日、増上寺録所で「所化寮規定」６か条を出しました。内容を約すと、
１、 戒律、儀式、勤行などは決められたとおりに行うこと。
２、 たとえ老いた実母であっても、宿泊させてはならない。
３、 身分僧階にふさわしい衣服を着、質朴であること。
４、 ほかのところに宿泊してはならない。用事があるときは、庵主が申し出、
吟味のうえ、日時を書いた許可証を渡すこと。先頭に行き帰りの節は、高
声の会話、放埓な振る舞いはしないこと。
５、 門の出入りは暮六つ時（夕方６時）を門限とする。ただし、遠方より
帰寮の節は五つ時（夜８時）まで許される。六つ時以後出かける僧は
、役職者の印がおしてある木札を出して、門を通してもらい、翌日帳場で
札を受け取ること。
増上寺所化寮は学寮とも言いますが、寛永18年（１６４１）５月、将軍になったばかりの家光が安国殿（のちの東照宮）霊屋敷地を、丸山の南側に決めるに及び、所化寮が山内外側下座の地、三島谷、山下谷などに配置されたのです。承応年間（１６５２～１６５４）の記録には、総数１２０軒に及んでいました。学寮は安養九品の理により、三島谷、同中谷、同北谷、天神谷、南中谷、神明谷、袋谷、山下谷、新谷の９つに分けられ、各寮に寮主がいました。また、各谷には谷頭がいて、相談役に老僧がいました。
元禄元年10月から翌年４月にかけて旅したときのことがつづられた、芭蕉（元禄２年「人物」参照）の第３紀行文集です。伊良湖崎・伊勢・吉野・高野山・須磨・明石までの『笈の小文』の旅に出る際に「旧友、親疎、門人等、あるは詩歌文章をもて訪ひ、或は草鞋の料を包みて志を見はす。かの三月の糧を集むるに力を入れず。紙布・綿小などいふもの、帽子・したうづやうのもの（足袋）、心心に送りつどひて霜雪の寒苦をいとふに心なし」と盛大に出発を祝われています。これは芭蕉の文名の高まりを示しています。芭蕉は旅の楽しさを「もしわづかに風雅ある人に出会たる、悦びかぎりなし」と言っていることから、風雅（理想的な詩歌の本質）を念頭に置いて旅をしていることがわかります。いろいろな人との交遊の中に風流を感じ取り、芭蕉はしだいに風雅の境地に近づいていくのです。
10月11日、葺屋町の西河岸に住んでいた初代市川団十郎に長男が生まれました。幼名九蔵、のちの２代目団十郎です。当時初代は29歳、元禄元年３月には、山村座で『古今兄弟兵曽我』を演じています。これは、「確認できる団十郎の曽我ものの最初」（加賀佳子氏）と言われます。芸も人気も高まりを見せてきた時期でした。２代目は父の創った荒事（貞享２年「解説」参照）を完成させ、のちに父をしのぐほどの名優になりました。家の草創期に名優が続いたことが、市川家が代々栄えていくもととなったのです。