貞享３年の春、祐天上人は増上寺を退出して、隠棲生活に入りました。50歳、増上寺で二臘の地位にあり、学頭になろうというときのことです。退出後しばらくは浅茅が原（台東区）蓮華院に滞在し、５月頃には牛島（墨田区東駒形）に移ったようです。
祐天上人の急な隠退の理由は、後期の伝記類にはもともと出世を望んでいなかったと記されていますが、初期の伝記である『略記』に「たちまち屯にあい」と書かれるのみではっきりとはわかりません。増上寺内での地位問題が絡んでいたのかもしれません。前年、貞享２年（１６８５）に本所の霊山寺が檀林として復興され、貞享３年増上寺学頭の鑑了が住職として赴きました。しかし、同年のうちに遷化してしまい、次期住職として廓瑩が赴くことになりました。またその頃、二臘三臘の人物が次々と檀林の住職になっています。檀林の住持に出世するには選挙（有権者は十七檀林住持、増上寺役職者ら61人）で選ばれなければならないのですが、その選挙制度が貞享２年に改正されており、１つの変革期にあったと考えられます。貞享２年、鑑了が去ったあと祐天上人は、増上寺での出世争いに嫌気がさし、隠棲を決意されたとも考えられます。
祐天上人は、庶民の間に念仏信仰をさらに広めたいという願いを持っておられ、これを機会に江戸の町に住み、その願いの実現に乗り出したようです。この年から祐天上人はしばらく旅に出たようです（元禄元年「祐天上人」参照）。
５月３日、祐天上人の弟子祐廓が入寂しました。弟子としては３番目に古い者でした。師匠に従った隠棲生活の苦労の中で弟子が寂したことは、祐天上人には深い悲しみであったと思われます。
牛島の地名は、あたかも牛が寝そべっているかのような、この土地の緩やかな起伏によると言われます。牛島は古くは中之郷、須崎、小梅、押上の４つの村からなる広い地域を指しましたが、祐天上人が隠棲していた場所は、特に本所牛島（墨田区）という地区でした。文政11年（１８２８）の『感応寺書上』に収められている『清薫一代記』には、「祐天大僧正いまた庵室にませし時、感応寺と軒近ふして、たかひに称名の声不断やまさるを」とあることから、感応寺があった地域（同区東駒形２丁目９、10番地辺り）のごく近くに上人の庵もあったと推定されます。
２月24日、飯沼弘経寺の24世流誉古巌が増上寺住職となりました。先住霊玄が隠退を希望したことによるものです。同年に古巌は、増上寺の塔頭花岳院に火消し地蔵尊を安置しました。
この地蔵尊の由来は古く、聖徳太子作と伝えられるものです。相模国（神奈川県）三浦義盛一族が、数代にわたり守護していましたが、三浦氏が滅んだときに同族の芦名氏に伝わり、しばらく奥州会津（福島県）の城中に安置されていました。天文年間の末（１５５５頃）、会津城が伊達政宗の襲撃により落城すると、家臣三浦出雲が持ち出して下総（茨城県）飯沼に行きました。出雲は由縁の者を頼って隠れ住むうちに、いつしか農民となりますが、ずっとこの像を信心していました。
ある年、隣家より火事が出たとき、誰ともわからない人物が来て、三浦家に火災が及ぶのを防ぎ避難させてくれました。あとでその人物が誰であったか尋ねても、どうしてもわかりませんでした。「きっと地蔵尊であったのだろう」と、里人は口々に言い、その地蔵尊を「火消し地蔵尊」と呼び、一層信仰を深めました。
浮世草子。井原西鶴（元禄元年「人物」参照）著。貞享３年刊行。全５巻で５組の男女の恋愛を取り上げています。巻１は、但馬屋の手代清十郎とお夏の恋物語で、駆け落ちしようとして捕らえられ、清十郎は処刑、お夏は気が狂って出家するというもの。巻２は、おせんの悲劇。巻３は大経師おさんと手代茂右衛門の駆け落ちの物語で、２人は見つかり処刑されます（天和３年「事件」参照）。巻４は、お七と吉三郎の悲恋の物語で、火事で焼け出され避難していたお七は、吉三郎と恋をします。しかし、家が完成して会えなくなったお七は放火し、処刑されるという話（天和２年「事件」参照）。巻５は源五兵衛・おまんの恋物語でこの恋だけは成就するのです。本書は実際にあった事件を題材にしたことにより、読者の興味を引き、悲しみや笑いを多数の読者に感じさせることができました。
この頃の歌舞伎の舞台は、能舞台を受け継いだものでしたが、17世紀後半になり、多幕物の続き狂言が上演されるようになると、それでは間に合わなくなり、引き幕をセットし、付舞台も添えられ、演出効果を高める工夫がなされるようになりました。貞享３年、中村座で『不破即身雷』が上演され、市川団十郎の不破伴左衛門が大当たりを取りましたが、この狂言（出し物）から本舞台となりました。しかし、まだ桟敷ばかりで花道はなかったのです。また、平戸間の観客席の上は、青天井で野天でした。劇場に屋根ができるのは、享保８年（１７２３）のことです。